
خط لوله جدید بیوانفورماتیک ویروس های شناخته شده قبلی و جدید را شناسایی می کند – ScienceDaily
محققان دانشگاه هلسینکی برای شناسایی ویروس ها در نمونه های مربوط به میزبان یا محیط زیست ، خط لوله بیوانفورماتیک جدیدی به نام Lazypipe ایجاد کرده اند.
این خط لوله در همکاری نزدیک بین ویروس شناسان و بیوانفورماتیک ساخته شده است. محققان معتقدند که آنها توانسته اند بسیاری از چالش های معمول در متاژنومیک ویروسی را برطرف کنند.
پیش از این ، واحد تحقیقاتی Zoonoses ویروسی ، به سرپرستی پروفسور Olli Vapalachti ، دو نمونه از عوامل ویروسی جدید و بالقوه مشترک انسان و دام را منتشر کرد که از طریق حیوانات وحشی با Lazypipe شناسایی شده اند و می توانند به عنوان بردار عمل کنند. ویروس جدید ابولاویر از مدفوع و نمونه های اندام خفاش های Mops condylurus در کنیا و یک پاتوژن جدید منتقله از طریق کنه ، ژل بلاست تیک بلاست در شمال شرقی اروپا شناسایی شده است.
دکتر Teemu Smura می گوید: “این نمونه ها نشان دهنده اثربخشی تجزیه و تحلیل داده های Lazypipe برای کتابخانه های NGS با ریشه DNA / RNA بسیار متفاوت است ، از بافت پستانداران گرفته تا بندپایان خرد و خرد شده.”
Covid-19 نیاز به تشخیص سریع ویروس های جدید را تقویت می کند
ویروس کرونا ویروس فعلی ، نیاز به شناسایی سریع ویروس های ناشناخته قبلی را به روشی بی طرف تقویت می کند.
دکتر راوی کانت می گوید: “کشف SARS-CoV-2 بدون ژنوم مرجع ، مفید بودن Lazypipe را برای سناریوهایی نشان می دهد که در آن عوامل ویروسی مشترک انسان و دام جدید ظهور می کنند و می توان با توالی NGS از آزمایشات بالینی به سرعت آنها را تشخیص داد.
در اوایل آوریل ، تیم تحقیقاتی کتابخانه ها را با نمونه های مثبت SARS-CoV-2 با Lazypipe آزمایش کردند.
دکتر ایلیا پلیوسنین می گوید: “ما تأیید کردیم که خط لوله SARS-CoV-2 را در 9 کتابخانه از 10 کتابخانه با تنظیمات پیش فرض و بدون ژنوم مرجع SARS-CoV-2 پیدا کرده است.”
پروفسور Tarja Sironen می افزاید: “Lazypipe می تواند نقش مهمی در پیش بینی بیماری های عفونی در حال ظهور داشته باشد.”
منبع تاریخچه:
مواد تهیه شده توسط دانشگاه هلسینکی. توجه: مطالب را می توان از نظر سبک و طول ویرایش کرد.
منبع: unbox-news.ir
آخرین دیدگاهها