خط لوله جدید بیوانفورماتیک ویروس های شناخته شده قبلی و جدید را شناسایی می کند – ScienceDaily


محققان دانشگاه هلسینکی برای شناسایی ویروس ها در نمونه های مربوط به میزبان یا محیط زیست ، خط لوله بیوانفورماتیک جدیدی به نام Lazypipe ایجاد کرده اند.

این خط لوله در همکاری نزدیک بین ویروس شناسان و بیوانفورماتیک ساخته شده است. محققان معتقدند که آنها توانسته اند بسیاری از چالش های معمول در متاژنومیک ویروسی را برطرف کنند.

پیش از این ، واحد تحقیقاتی Zoonoses ویروسی ، به سرپرستی پروفسور Olli Vapalachti ، دو نمونه از عوامل ویروسی جدید و بالقوه مشترک انسان و دام را منتشر کرد که از طریق حیوانات وحشی با Lazypipe شناسایی شده اند و می توانند به عنوان بردار عمل کنند. ویروس جدید ابولاویر از مدفوع و نمونه های اندام خفاش های Mops condylurus در کنیا و یک پاتوژن جدید منتقله از طریق کنه ، ژل بلاست تیک بلاست در شمال شرقی اروپا شناسایی شده است.

دکتر Teemu Smura می گوید: “این نمونه ها نشان دهنده اثربخشی تجزیه و تحلیل داده های Lazypipe برای کتابخانه های NGS با ریشه DNA / RNA بسیار متفاوت است ، از بافت پستانداران گرفته تا بندپایان خرد و خرد شده.”

Covid-19 نیاز به تشخیص سریع ویروس های جدید را تقویت می کند

ویروس کرونا ویروس فعلی ، نیاز به شناسایی سریع ویروس های ناشناخته قبلی را به روشی بی طرف تقویت می کند.

دکتر راوی کانت می گوید: “کشف SARS-CoV-2 بدون ژنوم مرجع ، مفید بودن Lazypipe را برای سناریوهایی نشان می دهد که در آن عوامل ویروسی مشترک انسان و دام جدید ظهور می کنند و می توان با توالی NGS از آزمایشات بالینی به سرعت آنها را تشخیص داد.

در اوایل آوریل ، تیم تحقیقاتی کتابخانه ها را با نمونه های مثبت SARS-CoV-2 با Lazypipe آزمایش کردند.

دکتر ایلیا پلیوسنین می گوید: “ما تأیید کردیم که خط لوله SARS-CoV-2 را در 9 کتابخانه از 10 کتابخانه با تنظیمات پیش فرض و بدون ژنوم مرجع SARS-CoV-2 پیدا کرده است.”

پروفسور Tarja Sironen می افزاید: “Lazypipe می تواند نقش مهمی در پیش بینی بیماری های عفونی در حال ظهور داشته باشد.”

منبع تاریخچه:

مواد تهیه شده توسط دانشگاه هلسینکی. توجه: مطالب را می توان از نظر سبک و طول ویرایش کرد.


منبع: unbox-news.ir

Leave a reply

You may use these HTML tags and attributes: <a href="" title=""> <abbr title=""> <acronym title=""> <b> <blockquote cite=""> <cite> <code> <del datetime=""> <em> <i> <q cite=""> <s> <strike> <strong>